Кыргызстан занимает территорию площадью около 198 тыс. км2 в центре евразийского континента между 690 15’ и 800 14’ восточной долготы и 390 10’ и 430 15’ северной широты. Абсолютные высотные отметки страны - от 401 м (Ферганская долина) до 7439 м (пик Победы) и 6995 м (пик Хан-Тенгри) над уровнем моря.


Большую часть территории страны занимают горы, которые относятся к Тянь-Шанской и Памирской горным системам. Горные хребты и межгорные впадины ориентированы преимущественно субширотно, однако встречаются также короткие меридиональные и диагональные (северо-восточного и северо-западного простирания) хребты и долины. Большая часть хребтов имеет асимметричное строение. Превышение хребтов над прилегающими впадинами колеблется от 200-600 до 2200-3000 м и выше.


Сложность рельефа территории республики – глубокая расчлененность, различная экспозиция горных склонов по отношению к солнцу и потокам воздуха, создает исключительное разнообразие климатических условий, которое подчиняется выраженной вертикальной климатической поясности.


Выделяется четыре климатических пояса:
1. Долинно-предгорный пояс (до 900-1200 м). Для него характерно жаркое лето (среднемесячная температура июля до +280) и умеренно-прохладная бесснежная зима (среднемесячная температура января -4-70) с большим дефицитом осадков.
2. Среднегорный пояс (от 900-1200 до 2000-2200 м) имеет типичный умеренный климат с теплым летом (среднемесячная температура июля +18-190) и умеренно-холодной устойчивой снежной зимой (среднемесячная температура января -7-80).
3. Высокогорный пояс (от 2000-2200 до 3000-3500 м). Характеризуется прохладным летом (среднемесячная температура июля +11-160) и холодной, местами многоснежной зимой (среднемесячная температура января -8-100). Безморозный период здесь составляет всего 3-4 месяца, а может и отсутствовать полностью.
4. Нивальный пояс (выше 3500 м), пояс снежников и ледников. Он обладает суровым, очень холодным климатом, в июле средняя температура здесь +4-70, в январе -19-220.


Высокогорные хребты Кыргызстана часто характеризуются мощным оледенением. Общая площадь ледников составляет 8094,5 км2. Набольшее развитие оледенения наблюдается в восточной части республики в Центральном Тянь-Шане, в районе пика Победы, где находятся крупнейшие ледники – Южный и Северный Энильчек. Сильно развито оледенение в Южном, а в меньшей степени – в Северном и Западном Тянь-Шане.
Реки Кыргызстана (за исключением рек Внутреннего Тянь-Шаня) являются молодыми горными потоками, для которых характерно большое падение русел и бурное течение. Большая часть речной сети республики входит в бассейн Аральского моря. Реки юго-восточной части Кыргызстана принадлежат бассейну реки Тарим. Река Каркара, берущая начало к востоку от озера Иссык-Куль, относится к бассейну оз. Балхаш. Крупнейшими реками Кыргызстана являются реки: Нарын (протяженностью 535 км), Чу (260 км), Кекемерен (Суусамыр) (199 км), Сары-Джаз (198 км), Чаткал (189 км), Кызыл-Суу (124 км), Тюп (120 км), Чон-Кемин (116 км), Ак-Сай (110 км), Талас (90 км) и Кара-Дарья (80 км).


На территории Кыргызстана насчитывается 1923 озера общей площадью 6836,2 км2. 91,2 % этой площади приходится на долю оз. Иссык-Куль. Крупнейшими озерами являются Иссык-Куль (площадь зеркала – 6236 км2), Сон-Кель (270 км2) и Чатыр-Кель (1563,5 км2). Все они имеют тектоническое происхождение, то есть образовались в процессе заполнения водой межгорных впадин. Наиболее многочисленны гляциогенные озера, возникшие в результате процессов древнего и современного оледенения. Реже встречаются завальные озера, появившиеся из-за перегораживания речных долин горными обвалами и оползнями.


Почвенным слоем покрыто 82% территории страны, и, ввиду различных условий формирования, состав почв крайне разнообразен. Выделяется 41 тип почв, которые объединены в две группы:
1. Почвы межгорных впадин и сыртовых нагорий. Наиболее распространенными здесь являются сероземы, а также горно-долинные светло-бурые и светло-каштановые почвы.
2. Почвы горных склонов. Наиболее часто встречаются горные лугово-степные субальпийские и альпийские почвы, а также горные черноземы и горные темно-каштановые почвы.
Такое разнообразие природных условий не могло не повлиять на формирование растительности Кыргызстана.


В настоящее время на территории республики выделено 15 ботанико-географических районов, относимых к Горно-Среднеазиатской, Джунгаро-Тяньшане-Алайской и Кашгарской провинциям. Выделяется также около 30 типов растительности, в том числе: горная тайга; белолесье; луга и лугостепи; мезофильные горные травники; широколиственные листопадные леса и кустарники; высокотравье; сазы; арчевники; степи; ксерофильные листопадные восточносредиземноморские леса, редколесья и кустарники (шибляк); полусаванны; полукустарниковые пустыни; растительность пестроцветных толщ; петрофильная растительность и некоторые другие.


Выделяют 7 различных районов с определенным типом поясности (высотным чередованием типов растительности): Северо-Тяньшанский, Внутренне-Тяньшанский, Тяньшанско-Алайский, Таласский, Фергано-Алайский, Северо-Ферганский и Центрально-Восточно-Тяньшанский.


К настоящему времени в Кыргызстане известно около 4000 видов сосудистых растений из 829 родов и 113 семейств. Флора республики является одной из богатейших в Средней Азии. Она включает не менее 70 % родов и 90 % семейств от общего числа родов и семейств Средней Азии в целом. Необходимо отметить также широкое распространение в республике эндемичных и субэндемичных видов.


Флора Кыргызстана включает в себя множество растений, представляющих интерес для разнообразных сфер человеческой деятельности. Многие представители местной флоры являются декоративными, лекарственными, пищевыми и другими полезными растениями.